平安時代の始めに、天台宗の開祖・伝教大師最澄は比叡山を開くにあたって、この土地に古くから鎮座する地主神である、比叡（日枝）の神を丁重にまつった。　これが現在、滋賀県にある日吉神社の起源である。　最澄が比叡山の開創に先立って、比叡の神をまつったことは、神仏習合の魁となるできごとでした。

そして、平安時代の中頃になると、神社の境内には神宮寺というお寺が建てられ、僧侶が神前でお経を唱え、いっぽう寺院には神々をまつる神社が建てられるようになりました。　つまり、外来の宗教である仏教と日本古来の神道の神が、同じ敷地の中で仲良く暮らすようになったのです。　この不思議な現象を神仏習合といい、時代が下がるとますます盛んになっていきました。

例えば、愛知県の豊川稲荷の基になるのは妙厳寺という曹洞宗のお寺です。　もともと妙厳寺の鎮守としてまつられたお稲荷さんが信仰されるようになり、江戸の末期から爆発的な信仰を得ました。　その結果、本体の妙厳寺よりも有名になってしまったのです。　このように神仏が共存する状態は、江戸時代の末まで続いたのです。　しかし、明治になって維新政府が神道を国教と定めると、「神仏判然令」というものを作りました。　それまでごっちゃになっていた神社と寺院を引き離して、神道の本拠地である神社の存在をはっきりさせようとしたのです。　その結果、寺院内の神社や寺院内の神宮寺は境内の外に出され、神仏の共存に終止符が打たれたのです。　とはいっても、どうしても神社と寺院を切り離せないケースもありました。　例えば、日光東照宮は二荒山神社、輪王寺とともに二社一寺が渾然一体となっていて、完全に切り離すことは不可能だったのです。　そのため、現在でも東照宮の入り口には五重塔が建ち、境内のは薬師堂や鐘楼などが残されているのです。　

第二次世界大戦後は神道が国教ではなくなり、神仏を共にまつることも各寺院の裁量に任されました。　その結果、かつて神仏判然令で移転させられた神を再び勧請したり、さらには稲荷などを新たに勧請して社を構える寺院が多くなったのです。

ご参考までに・・・。